老兄你保证你的2000和98的安装盘都没有问题吗？ 如果遇到盗版盗的不是很好的版本，是容易出现各种各样的问题的。
我想你的硬件只要达到标准了就应该没有什么问题。你换一张安装盘试试。

如果你保证一切安装一切操作都没有问题。那只能是硬件问题了。是什么主板？ 你换个硬盘先，如果没用。你再升级一下主板BIOS。我怀疑你硬盘有物理损伤。

说一下U盘启动的问题。 首先本身主板要支持从U盘启动，其次U盘本身也要支持启动。不是所有的U盘都支持的，一般大厂的A级芯片都支持，有些杂牌的U盘并不支持。这里有一个小小的技巧可以让不支持的U盘也变成支持。
先找一个能启动的U盘，格好后。用GHOST做一个分区备份。然后还原到你那个并不支持启动的U盘里。这样引导扇区就被强行写进去了。就可以做直接引导盘了。
虽然可以引导了，但是里面的东东还读不出来。因为纯DOS下并不支持U盘的。所以要下载U盘驱动放在U盘里。再编辑config，让它把驱动安装上，才能使用U盘。
推荐使用万能U盘驱动程序，是从XP和2000中提出来的，支持所有U盘。很简单方便。各地都有下，请下载保存以备后用。

stevenwu521老兄：你是CPU，RAM，POWER，硬盘都换过了，那你不等于换了一台机子了吗？就差主板了，那还等什么呢。把主板也换了吧。这么邪门的事只有用替换法了。（除非有人暗中与你做对，呵呵）